| 25/26 |  | Primera División Clausura | 1.Liga | 16 | 5 | 1 | 49:16 | 33 | 53 | 1 | Adrián Sánchez |
| 25/26 |  | Primera División Apertura | 1.Liga | 13 | 5 | 4 | 49:25 | 24 | 44 | 2 | Cristian Flores |
| 02/03 |  | Primera División Clausura | 1.Liga | 13 | 5 | 0 | 35:12 | 23 | 44 | 1 | |
| 09/10 |  | Primera División Apertura | 1.Liga | 12 | 2 | 4 | 31:9 | 22 | 38 | 1 | |
| 03/04 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 9 | 8 | 1 | 34:16 | 18 | 35 | 1 | |
| 00/01 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 9 | 5 | 4 | 31:14 | 17 | 32 | 1 | |
| 17/18 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 14 | 3 | 5 | 39:23 | 16 | 45 | 3 | Cristian Álvarez |
| 01/02 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 7 | 8 | 3 | 30:15 | 15 | 29 | 5 | |
| 99/00 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 9 | 3 | 6 | 29:14 | 15 | 30 | 3 | |
| 03/04 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 10 | 6 | 2 | 27:13 | 14 | 36 | 1 | |
| 23/24 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 12 | 6 | 4 | 36:23 | 13 | 42 | 2 | Raúl Arias |
| 21/22 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 11 | 5 | 6 | 33:20 | 13 | 38 | 2 | Jorge Rodríguez |
| 19/20 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 10 | 7 | 5 | 38:25 | 13 | 37 | 2 | Guillermo Rivera |
| 12/13 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 9 | 6 | 3 | 27:15 | 12 | 33 | 3 | Agustín Castillo |
| 12/13 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 11 | 3 | 4 | 29:17 | 12 | 36 | 1 | William Osorio |
| 04/05 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 10 | 5 | 3 | 30:19 | 11 | 35 | 1 | |
| 01/02 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 7 | 8 | 3 | 29:18 | 11 | 29 | 5 | |
| 99/00 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 8 | 5 | 5 | 29:19 | 10 | 29 | 4 | |
| 17/18 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 8 | 10 | 4 | 30:21 | 9 | 34 | 4 | Cristian Álvarez |
| 05/06 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 6 | 8 | 4 | 26:17 | 9 | 26 | 2 | |
| 06/07 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 8 | 7 | 3 | 32:24 | 8 | 31 | 1 | |
| 14/15 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 7 | 7 | 4 | 18:11 | 7 | 28 | 3 | Agustín Castillo |
| 11/12 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 9 | 5 | 4 | 24:17 | 7 | 32 | 2 | William Renderos |
| 08/09 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 8 | 5 | 5 | 24:17 | 7 | 29 | 3 | |
| 04/05 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 9 | 5 | 4 | 26:19 | 7 | 32 | 1 | |
| 18/19 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 9 | 6 | 7 | 23:17 | 6 | 33 | 4 | Erick Prado |
| 07/08 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 9 | 3 | 6 | 27:21 | 6 | 30 | 2 | |
| 10/11 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 7 | 8 | 3 | 29:24 | 5 | 29 | 2 | |
| 08/09 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 8 | 6 | 4 | 27:22 | 5 | 30 | 3 | |
| 07/08 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 8 | 6 | 4 | 26:21 | 5 | 30 | 3 | |
| 14/15 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 7 | 6 | 5 | 20:16 | 4 | 27 | 5 | Agustín Castillo |
| 13/14 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 11 | 3 | 4 | 25:21 | 4 | 36 | 1 | Efraín Burgos |
| 02/03 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 10 | 5 | 3 | 24:20 | 4 | 35 | 1 | |
| 26/27 |  | Primera División Apertura | 1.Liga | 2 | 1 | 2 | 9:6 | 3 | 7 | 5 | Adrián Sánchez |
| 13/14 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 7 | 7 | 4 | 23:20 | 3 | 28 | 3 | Jaime de la Pava |
| 23/24 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 8 | 8 | 6 | 26:24 | 2 | 32 | 5 | Richard Preza |
| 18/19 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 7 | 8 | 7 | 21:19 | 2 | 29 | 7 | Erick Prado |
| 24/25 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 6 | 5 | 9 | 29:28 | 1 | 23 | 8 | Agustín Castillo |
| 21/22 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 7 | 9 | 6 | 31:30 | 1 | 30 | 5 | Jorge Rodríguez |
| 16/17 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 8 | 7 | 7 | 27:26 | 1 | 31 | 7 | Osvaldo Escudero |
| 11/12 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 6 | 9 | 3 | 24:23 | 1 | 27 | 5 | Agustín Castillo |
| 15/16 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 9 | 7 | 6 | 28:28 | 0 | 34 | 5 | Agustín Castillo |
| 06/07 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 6 | 6 | 6 | 21:21 | 0 | 24 | 5 | |
| 05/06 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 5 | 7 | 6 | 21:21 | 0 | 22 | 7 | |
| 22/23 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 7 | 6 | 9 | 24:26 | -2 | 27 | 7 | Efrén Marenco |
| 16/17 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 7 | 10 | 5 | 21:23 | -2 | 31 | 6 | Emiliano Pedrozo |
| 24/25 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 5 | 7 | 8 | 17:23 | -6 | 22 | 8 | David Caneda |
| 15/16 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 5 | 6 | 11 | 20:26 | -6 | 21 | 11 | Roberto Gamarra |
| 09/10 | | Primera División Clausura | 1.Liga | 5 | 5 | 8 | 19:25 | -6 | 20 | 7 | |
| 00/01 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 3 | 8 | 7 | 15:21 | -6 | 17 | 8 | |
| 10/11 | | Primera División Apertura | 1.Liga | 4 | 5 | 9 | 19:28 | -9 | 17 | 8 | |
1.Liga
